紫菜在自然分类系统中属于红藻门（Rhodophyta），原红藻（Protoflorideophycese），红毛菜目（Bangiales），红毛菜科（Bangiaceae），紫菜属（Porphyra）。紫菜属包括真紫菜亚属（Euporphyra）、双皮层亚属（Diploderma）及双色素体亚属（Diplastida）三个亚属。
我国藻类学家曾呈奎与张德瑞根据叶状体边缘有无刺状突起把真紫菜亚属又分为3组，即刺缘紫菜组、全缘紫菜组和边缘紫菜组。圆紫菜、坛紫菜属刺缘紫菜组；甘紫菜、条斑紫菜属全缘紫菜组；边紫菜属边缘紫菜组。
