树干:高可达12米,乔木,枝广展,小枝有褐色短柔毛。树干坚实,树冠繁茂。
叶:互生,椭圆形,革质,长20~30厘米,脉上略被星状毛。
花:“老茎生花”,花直接开在树干或主枝上,直径约1.8厘米;萼粉红色,有臭味。5深裂;花瓣5,下部凹陷成盔状,上可可 树干部匙形向外反卷;雄蕊花丝基部合生成筒状,退化雄蕊5,线形,发育雄蕊1~3枚聚成1组,和退化雄蕊互生。
种子:即可可豆;一个果实内有30-50粒种子,每粒种子外面附有白色胶质,可以通过发酵除去。种子卵形,长2.5厘米。
可可果实呈椭圆形,长度不等,种子埋藏在胶质果肉中,通常30~40粒,卵形或椭圆形,长1.8~2.6cm,直径1~1.5cm,每粒种子外面附有白色胶质,种子表面的胶质可以通过发酵除去。每粒种子或可可豆包括席卷的子叶和胚,外面有种皮包围。子叶颜色由白色到深紫色,不同品种的子叶颜色不同。
可可豆比咖啡豆大一些,比咖啡豆扁,中间的凹痕比咖啡豆的浅一些,凹痕呈波浪形。