根据甜瓜近缘野生种和近缘栽培种的分布，认为热带非洲的几内亚是甜瓜的初级起源中心，经古埃及传入中近东、中亚（包括中国新疆）和印度。
在中亚演化为厚皮甜瓜。中国是薄皮甜瓜的初级和次级起源中心，12-13世纪由中亚传入俄国国，16世纪初由欧洲传入美洲，19世纪60年代从美洲传入日本。传入印度的甜瓜进一步分化出薄皮甜瓜，再传入中国，朝鲜和日本。中国华北是薄皮甜瓜的次级起源中心。也有人认为甜瓜有多起源中心，西亚（包括苏联的土库曼和外高加索、伊朗、小亚细亚及阿拉伯）是厚皮甜瓜的初级起源中心，中亚（阿富汗，苏联的塔吉克、乌孜别克、土库曼，中国新疆）是厚皮甜瓜的次级起源中心。中国是薄皮甜瓜的初级和次级起源中心。
