新疆主栽核桃蛋白质平均含量19.35%,脂肪平均含量60.91%,相比国内其他地区核桃,具有蛋白质含量高,脂肪含量偏低的特点。脂肪酸组成为棕榈酸、油酸、亚油酸、α-亚麻酸和硬脂酸,不饱和脂肪酸平均含量 90.45%,多不饱和脂肪酸 66.19%,亚油酸(ω-6)/α-亚麻酸(ω-3)比值符合WHO推荐值。氨基酸种类齐全,总含量高,必需氨基酸含量占氨基酸总含量的27%~30%,SRC在68.85~78.40之间。核桃蛋白的第一限制性氨基酸为赖氨酸。
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