黄鳝体细长圆柱状呈蛇形，体长约20-70厘米，最长可达1米。体前圆后部侧扁，尾尖细。头部膨大长而圆，颊部隆起。口大，端位，吻短而扁平；口开于吻端，斜裂；上颌稍突出，唇颇发达。上下颌及口盖骨上都有细齿。眼甚小，隐于皮下，为一薄皮所覆盖。鳃裂在腹侧，左右鳃孔于腹面合而为一，呈倒“V”字形。鳃膜连于鳃峡。鳃常退化由口咽腔及肠代行呼吸。无鱼鳔这类辅助呼吸的构造，而是由腹部的一个鳃孔，口腔内壁表皮与肠道来掌管呼吸，能直接自空气中呼吸。
体裸露润滑无鳞片，富黏液；无胸鳍和腹鳍，背鳍和臀鳍退化仅留皮褶，无软刺，都与尾鳍相联合。生活时体呈黄褐色，侧线完全，沿体侧中央直走。体背为黄褐色，腹部颜色较淡，全身具不规则黑色斑点纹，黄鳝的体色常随栖居的环境而不同。体鳗形，鳍无棘，背鳍、臀鳍延长，与尾鳍相连，无腹鳍，或者小如存在为喉位。
