臭豆腐属豆制品，富有营养，闻着臭，吃着香，但臭豆腐吃多也是有害的。
因为，臭豆腐的发酵工序是在自然条件下进行的，易被微生物污染。据测定，臭豆腐中含有大量挥发性基氨，平均每公斤含有4.9克。同时，还含有硫化氢，平均每公斤含有16.5毫克。此二成分，均为蛋白质分解的腐败物质，对人体有害。除此类物质外，臭豆腐常受细菌污染，其中包括致病菌。因此，臭豆腐不宜多吃。
南京、绍兴、湖北、安徽、天津、云南等地都有臭豆腐，口味和做法也随着当地的饮食习惯而不同。除了油炸之外，还有黄山的蒸臭豆腐、云南的鸭油臭豆腐、烤臭豆腐干等等。
南京的臭豆腐可分为两种，一种是灰白的嫩豆腐，一种是瓦灰的豆腐干。嫩臭豆腐下到油锅里炸至金黄色，就可以起锅，吃的时候浇上一些辣椒酱、芝麻酱、蒜汁、香菜、小葱、姜末，吃起来外脆内酥软，味道香浓；灰色的臭豆腐干子，在油里炸的时间需稍久一些，才能炸得透，随着诱人的臭味弥漫开来，豆腐干的表面就会起小泡泡，待色转变成灰黑色，就可以吃了。这样的臭豆腐干子一般切成小块，串在竹签上，炸熟后直接刷上摊主备下的调味酱，趁热食之，香脆可口，颇有嚼头。
南京高淳的臭豆腐在做法上也有些与众不同。先用上好的黄豆制成水豆腐，然后把白嫩的水豆腐压制成白白的豆腐干子；再把豆腐干加入到一种卤液中。此处的卤液是最有讲究的，需要用隔年留下的烂咸菜汁做成，纯绿色、纯天然，没有添加任何色素，散发出来的是很自然的臭味。把盛放的坛子封好口，再埋到地底下，数天之后取出，白豆腐已成青墨色的臭豆腐干了。掰开豆腐干，可以看到从里面到外面，都是青墨色，闻闻奇臭，炸熟后入口却又是奇香无比。这种地道的臭豆腐，近年来已经快在市场上绝迹，出售的多是些仿制的赝品。
